Dès sa création, Sidaction s'est dotée de règles de fonctionnement claires et efficaces, et a veillé à mettre en place des procédures rigoureuses validées par le Conseil d'État et la Cour des Comptes, ces règles de fonctionnement sont toujours en vigueur.
Formé de 19 membres bénévoles impliqués depuis longtemps dans le combat contre le sida,
le conseil d'administration de Sidaction est constitué de trois collèges : associatif, scientifique et de personnalités qualifiées, reconnues pour leur connaissance ou leur apport à la lutte contre le sida.
Seul le conseil d'administration est à même d'accepter ou de refuser un financement. Ses décisions se font sur la base des recommandations des comités de l'association, parmi lesquels :
- Un comité scientifique et médical est chargé d'instruire les demandes de contrat de travail et de financement émanant des chercheurs. Il est constitué de cliniciens, de chercheurs fondamentalistes et de chercheurs en sciences sociales, mais aussi de deux représentants associatifs, bénévoles, afin d'intégrer la vision des malades dans la réflexion du comité. Sidaction propose un appel d'offres scientifique et médical annuel comprenant trois sessions.
- Le comité associatif est responsable de l'étude des demandes de financement faites par les associations françaises de lutte contre le sida. Il est composé d'acteurs sanitaires et sociaux bénévoles œuvrant sur le terrain de la prévention et de l'aide aux malades.
- Le comité international ainsi que les comités "formation dans les PED" et "Grandir" sont composés de membres d'associations de pays en développement et d'experts français bénévoles engagés dans la lutte contre le sida dans ces pays. Chaque année, les comptes de Sidaction sont certifiés par des commissaires aux comptes indépendants de l'association.
