Financement
Porteur du projet : Oyindamola OLADOSU (Fin de Thèse)
Responsable Scientifique : Marc RUFF
Laboratoire : Biologie structurale intégrative - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire - IGBMC
ILLKIRCH - Grand Est
Montant : 15 263 € - Durée : 6 mois
Résumé
L’intégrase, est la protéine centrale du complexe de pré-intégration du virus VIH qui lui permet d’intégrer son génome à celui de la cellule. L’intégrase se compose de trois domaines structurels et fonctionnels: le domaine N-terminal, le domaine catalytique contenant le site actif et le domaine C-terminal (CTD), qui se lie à l'ADN de manière non spécifique. Les fonctions spécifiques du domaine C-terminal ne sont pas encore bien caractérisées. Bien qu'il y ait eu quelques pistes sur les facteurs de ciblage cellulaire et l'intégration de la chromatine, on en sait peu sur ce processus.
L'hypothèse du projet est que le CTD intervient dans les interactions avec la chromatine dans les cellules infectées. Des travaux antérieurs de collaborateurs ont montré que le CTD interagit spécifiquement avec la queue N-terminale de H4K20 monométhylée. Pour confirmer davantage ces résultats, et pour résoudre la structure de ce complexe, deux variations de la CTD ont été cloné et purifié : une protéine étiquetée HIS et une protéine GST. Avec la protéine étiquetée GST, les analyses ont confirmé une interaction spécifique avec un peptide histone monométhylé représentant la queue N-terminale de H4K20. L’analyse de la structure du complexe confirme cette interaction. Les résultats préliminaires montrent également différents états conformationnels de la protéine en fonction du pH et de la concentration en sel, suggérant que l'interaction peut dépendre du pH.
L’analyse de la co-évolution de l’intégrase, a montré que la plupart des substitutions qui ont affecté l'activité de l’intégrase ont été trouvées dans le CTD. Certaines de ces mutations induisent une activité réduite de l’enzyme, alors que certains mutants sont complètement inactifs. Pour approfondir ces recherches, ces mutants ont été clonés et purifiés, pour étudier les effets des mutations sur la 1ère étape du processus d’intégration. De même la partie CTD de ces mutants sera clonée et purifiée, pour en déterminer la structure.
