RECHERCHE Fondamentale Virologie

Etudier le « conflit » entre le VIH et la cellule pour découvrir et caractériser de nouvelles protéines à l’interface virus-hôte.
Jeunes Chercheurs, Recherche Fondamentale

 

FINANCEMENT

Porteur du projet : Alexandre LEGRAND

Responsable Scientifique : Lucie ETIENNE

Laboratoire : Ecole Normale Supérieure de Lyon - Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) - INSERM U1111/CNRS UMR 5308 - LYON - Auvergne-Rhône Alpes

Montant : 102000 €- Durée : 36 mois

RESUME

La pandémie de VIH/sida reste un enjeu majeur de santé publique. Afin de trouver de nouveaux traitements curatifs et préventifs, il est nécessaire de découvrir les interactions dont le VIH est dépendant pour se répliquer dans nos cellules, contrer le système immunitaire, et persister dans l’organisme.

Le VIH est apparenté aux lentivirus simiens, qui ont « co-évolué » avec les singes pendant des millions d’années. Dans les cellules, les lentivirus interagissent avec de nombreux acteurs cellulaires ayant un effet (positif ou négatif) sur la réplication virale. Au cours des millions d’années de co-évolution, les gènes cellulaires évoluent en réponse à l’adaptation virale et portent les traces génétiques de ce conflit lentivirus-hôte perpétuel.

Au sein de l’équipe, nous avons développé une méthode bioinformatique, appelée DGINN, pour Détecter ces traces d’INNovations Génétiques, typiques de conflits virus-hôte. La détection de telles marques accompagnée d’expérimentations en laboratoire (« double criblage ») nous a permis de mettre en évidence treize gènes d’intérêts. Deux gènes en particulier, présentent, d’une part, des traces importantes de « conflit génétique » au cours de leur évolution chez les primates. D’autre part, ces deux gènes ont la capacité de moduler la réplication du VIH : l’un a un effet inhibiteur sur la réplication, alors que l’autre est utilisé par le VIH pour sa réplication.

Pendant ce projet de thèse, l’objectif sera donc de caractériser le rôle, encore inconnu à ce jour, de ces deux gènes lors de l’infection par le VIH et d’autres lentivirus, ainsi que leur histoire co-évolutive. Nous mêlerons des analyses bio-informatiques et évolutives, ainsi que des expérimentations en laboratoire, pour déterminer: 1/ les étapes de l’infection VIH impactées 2/ les interfaces moléculaires impliquées, du côté des protéines cellulaires et du côté du virus 3/ si certaines des traces génétiques identifiées sont le résultat d’un conflit entre ces gènes candidats et les lentivirus. Ceci dénoterait directement de leur l’importance in vivo dans la réplication du VIH.

Ce projet caractérisera donc de nouveaux acteurs cellulaires ayant un impact sur l’évolution et la réplication des lentivirus de primates. Ces acteurs seront des cibles potentielles pour des traitements contre le VIH/sida. Ils pourraient aussi constituer des barrières d’espèce dans les transmissions de lentivirus des singes à l’homme.

Année

2020